El rector de la U. de Chile y presidente del Consejo de Rectores, Víctor Pérez, indicó que, "según este presupuesto 2011, la educación superior no es una prioridad para el país". Y lamentó que, para el próximo año, se congelaran los recursos para el Fondo Solidario de Crédito Universitario, pues dejaría a un grupo importante de alumnos sin apoyo del Estado.
Otro punto criticado fue la reducción de los fondos regionales de ciencia e innovación.
Estas críticas ya habían sido realizadas por las 16 universidades estatales, quienes incluso rechazaron una nueva modalidad de financiamiento, que también consideraría a las universidades privadas, gracias a su inclusión en la participación para los fondos de desarrollo Mecesup.
Ante eso, el ministro Lavín sostuvo que "el aporte para las Ues. del Estado se mantiene tal como siempre ha sido y reajustado en términos reales". Añadió: "Lo que ha ocurrido es que la nueva línea de apoyo a la educación superior respalda a todas las instituciones, independiente del origen, pero tiene que ver con cosas de bien nacional. Supongamos que queremos apoyar las pedagogías, que también se dictan en privadas, los fondos concursables serán para todos".
El presupuesto de Educación tiene este año un aumento general de casi 7% e incluye, entre otras cosas, fondos para la reconstrucción y la creación de los 30 liceos Bicentenario.