Juan José Fuentes Ubilla cursó la Licenciatura y el Magister en Filosofía en el Departamento de Filosofía de la Universidad de Chile. Fue ayudante y colaborador de los profesores Patricia Bonzi y Humberto Giannini. Con la profesora Bonzi se formó y desarrollo su interés en la filosofía contemporánea y especialmente en la fenomenología. Estuvo directamente involucrado en la organización del coloquio Internacional Emmanuel Levinas, que se realizó en la Facultad de Filosofía en 2005, y en la edición del libro al que este coloquio dio origen.
Con el profesor Giannini se formó y desarrollo su interés en la filosofía medieval, lo que marcaría importantemente el camino de su especialización posterior. Fue ayudante del curso de Filosofía Medieval- cuando su profesor era Arturo Fontaine, y luego profesor del curso a partir de 2007. Junto con el profesor Giannini desarrolló además el proyecto Fondecyt “El horizonte ético-político del perdón de la promesa: claves para una ética del conflicto”(1110811).
Realizó su especialización de postgrado en estudios medievales, especialmente en los estudios de la temprana edad media, la influencia y el conflicto entre helenismo y cristianismo primitivo. Obtuvo su Master en Filosofía, mención Historia de la Filosofía en la Universidad Paris IV (Sorbonne).
Continuó su formación, buscando una mayor especialización en el enfoque textual e histórico para el estudio de la patrística en su vertiente griega. Es entonces cuando inicia su doctorado en Ciencias de la Religión y Sistemas de Pensamiento, en la École Practique des Hautes Études, bajo la dirección de Andrei Timotin. Al momento de su fallecimiento estaba escribiendo su tesis doctoral sobre el Pseudo Dionisio Aeropagita.
A pesar de su corta edad, muchas generaciones de estudiantes de la Universidad de Chile y de otras universidades conocieron su incansable trabajo de docencia y formación, especialmente en filosofía medieval. Era miembro de la International Society for Neoplatonic Studies. Junto con la preparación de su tesis doctoral, realizaba cursos, dictaba conferencias y participaba en congresos, como el Congreso Internacional de Estudios Agustinianos, celebrado en Santiago de Chile, donde presentó el trabajo “La posición agustiniana frente a la mirada que asume las ideas platónicas como pensamiento de Dios” (2018). En el encuentro nacional de Filosofía de la Religión (Alberto Hurtado) presentó “La cuestión de la comunicación y recepción de la potencia divina en Filón de Alejandría” (2023). Su último trabajo, presentado en el 11° Seminario de Estudios Patrísticos (PUC) fue “La aptitud a la divinización en el Pseudo Dionisio Areopagita. Continuidades y distancias con el neoplatonismo tardío” (agosto 2023).
El primer semestre de 2023 dictó el curso de extensión llamado “Cristianismo primitivo y la filosofía en Grecia”, en el Centro de Lenguas y Culturas del Mundo en nuestra Facultad.
Además formaba parte del Grupo de Estudios Humberto Giannini desde su creación en 2019. Junto a este equipo, estaba trabajando en la edición del libro Humberto Giannini: Filosofía de lo común, que reúne artículos de académicos de distintas universidades del país en torno a la obra de H. Giannini. Este libro ganó el concurso de la Dirección de Investigación de la Facultad de Filosofía y Humanidades para su publicación, con un proyecto que él dirigía. Con este mismo equipo participaba como coinvestigador del proyecto de investigación: “La ira y la democracia: Giannini, Arendt y Nussbaum” dirigido por María José López (Fondecyt 1220377).
La dedicación y rigurosidad de su trabajo académico, la honestidad intelectual y la calidad humana que lo destacaban, han dejado una huella indeleble en todos quienes los conocieron y en especial en el Departamento de Filosofía, que era su segunda casa. Esto hace que su ausencia irreemplazable se vuelva una enorme pérdida para los estudiantes, profesores y funcionarios de la Universidad de Chile.